Lundi, 8h47. Le SMS tombe : « Je suis arrêté 10 jours. » Et là, dans votre tête de gestionnaire RH, la machine s'emballe : le salarié a-t-il 48h pour envoyer son arrêt, ou vous ? Qui déclare quoi à la CPAM ? La carence, c'est 3 jours ou 7 ? Doit-on compléter le salaire, et à partir de quand ? Et c'est quoi déjà, la subrogation ?
Vous n'êtes pas seuls : la gestion des arrêts maladie est l'un des processus RH les plus normés — et les plus mal maîtrisés en PME. Or l'enjeu est double : un retard de déclaration prive le salarié de ses indemnités, et une erreur de maintien de salaire se paie en contentieux ou en paie à régulariser. L'absentéisme coûte cher — l'Institut Sapiens l'a évalué à plus de 4 000 € par salarié et par an en moyenne, tous coûts confondus — autant ne pas y ajouter le coût du désordre administratif. Déroulons le processus, étape par étape.
Étape 1 — La déclaration : 48 heures pour le salarié, 5 jours pour vous
Le processus démarre par une double obligation de délais :
- Côté salarié : il dispose de 48 heures pour transmettre son arrêt de travail. Avec l'avis dématérialisé, les volets 1 et 2 partent directement du cabinet médical vers la CPAM ; le salarié vous adresse le volet 3. En cas d'envoi tardif répété, la CPAM peut réduire les indemnités journalières.
- Côté employeur : vous devez établir le signalement d'arrêt de travail via la DSN (l'attestation de salaire, dans sa forme moderne) dans les 5 jours. C'est ce signalement qui permet à la CPAM de calculer et verser les IJSS. Tout retard de votre part retarde l'indemnisation du salarié — et c'est vous qu'il appellera.
Premier conseil d'organisation : un circuit de déclaration unique et connu de tous. Le salarié qui prévient son manager par SMS, lequel oublie de transférer aux RH, c'est le scénario classique du signalement DSN hors délai. Un portail où le salarié déclare son absence et dépose son volet 3, avec notification automatique aux RH, élimine ce maillon faible — c'est l'esprit du self-service RH.
Étape 2 — Carence et IJSS : ce que verse la Sécurité sociale
La carence : 3 jours côté Sécu
Pour un arrêt maladie d'origine non professionnelle, la Sécurité sociale n'indemnise pas les 3 premiers jours : c'est le délai de carence. Les IJSS courent donc à partir du 4e jour d'arrêt. Pas de carence en revanche en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, ni en cas de prolongation d'un même arrêt.
Le calcul des IJSS : 50 % du salaire journalier de base
L'IJSS maladie est égale à 50 % du salaire journalier de base, lui-même calculé sur la moyenne des salaires bruts des 3 mois précédant l'arrêt, divisée par 91,25. Le salaire pris en compte est plafonné : depuis la réforme d'avril 2025, le plafond de référence est fixé à 1,4 SMIC, ce qui borne l'IJSS maladie à environ 41,50 € par jour. Concrètement :
- Salarié à 2 400 € brut/mois : salaire journalier de base = (3 × 2 400) / 91,25 = 78,90 € → IJSS ≈ 39,45 €/jour
- Salarié à 3 500 € brut/mois : le calcul est plafonné → IJSS ≈ 41,50 €/jour, soit une perte sèche importante sans complément employeur
Vous voyez le problème : les IJSS seules ne maintiennent jamais le revenu. D'où l'étape suivante.
Étape 3 — Le maintien de salaire : légal ou conventionnel
Depuis la loi de mensualisation de 1978 (codifiée à l'article L1226-1 du Code du travail), l'employeur doit compléter les IJSS pour les salariés ayant au moins 1 an d'ancienneté, sous conditions (arrêt justifié sous 48h, prise en charge par la Sécurité sociale, soins en France ou dans l'UE/EEE) :
- 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours indemnisés
- 66,66 % (deux tiers) pendant les 30 jours suivants
- Ces durées augmentent de 10 jours par tranche de 5 ans d'ancienneté (jusqu'à 90 jours par période)
- Attention au piège : le maintien légal s'applique après un délai de carence de 7 jours pour la maladie simple (aucune carence pour accident du travail ou maladie professionnelle) — une carence différente de celle de la Sécu, et c'est là que les paies se trompent
Mais la loi n'est qu'un plancher : la plupart des conventions collectives font mieux — maintien à 100 %, suppression de la carence employeur, ancienneté requise réduite. Réflexe obligatoire : vérifier votre convention avant chaque calcul. Le maintien s'entend toujours déduction faite des IJSS : l'employeur complète, il ne cumule pas.
Étape 4 — La subrogation : le mécanisme qui simplifie tout
Sans subrogation, le salarié reçoit ses IJSS de la CPAM d'un côté, et son complément employeur de l'autre — deux flux, deux calendriers, des fiches de paie illisibles et des régularisations en cascade.
Avec la subrogation, l'employeur maintient le salaire (à hauteur de ses obligations) et perçoit les IJSS directement à la place du salarié. Les avantages sont nets :
- Le salarié conserve un revenu régulier, versé à date habituelle — zéro trou de trésorerie pour lui
- L'entreprise récupère les IJSS et garde la maîtrise du flux financier
- La paie est plus lisible : un seul versement, une seule logique
La condition : le salaire maintenu doit être au moins égal aux IJSS perçues, et la demande de subrogation se fait via le signalement DSN. En pratique, la subrogation exige un suivi rigoureux des IJSS attendues vs perçues : les écarts (carence mal posée, salaire de référence erroné, prolongation non transmise) doivent être détectés et réclamés. C'est un travail de rapprochement que personne ne fait correctement sur un coin de table.
Étape 5 — Le suivi des absences et l'entretien de retour
La gestion administrative n'est que la moitié du sujet. L'autre moitié, c'est le pilotage : un taux d'absentéisme qui dérive est un signal managérial avant d'être un problème de paie. Les baromètres nationaux situent l'absentéisme autour de 5 % dans le secteur privé — si votre entreprise est au-dessus, la question n'est pas « comment mieux déclarer », mais « pourquoi vos salariés s'arrêtent-ils plus que la moyenne ». Les arrêts courts et répétés, en particulier, sont l'un des signaux faibles du burnout les mieux documentés.
Deux pratiques font la différence :
- Le tableau de bord des absences : fréquence, durée, récurrence par équipe — des indicateurs agrégés (et anonymisés au bon niveau) qui permettent d'agir avant la crise, dans la même logique que notre approche de la gestion des congés et absences
- L'entretien de retour : systématique après un arrêt long, ce n'est ni un interrogatoire ni une formalité — on n'y demande jamais la nature de la maladie (données de santé, RGPD), on y organise la reprise : charge de travail, actualités de l'équipe, aménagements éventuels, visite de reprise auprès de la médecine du travail (obligatoire après 60 jours d'arrêt maladie)
Ce qu'un SIRH change concrètement
Reprenez les cinq étapes : des délais (48h, 5 jours), trois carences différentes (3 jours Sécu, 7 jours maintien légal, parfois zéro en conventionnel), des calculs plafonnés, un rapprochement IJSS, des visites médicales à déclencher. C'est un processus qui appelle l'automatisation :
- Déclaration unifiée : le salarié signale son arrêt et dépose son volet 3 sur le portail, les RH sont notifiées immédiatement, le compte à rebours des 5 jours démarre
- Compteurs et historique : durées d'arrêt, récurrences, ancienneté pour les droits au maintien — tout est calculé, rien n'est ressaisi
- Export paie au format Silae : les absences partent en variables propres vers votre logiciel de paie, qui gère IJSS et subrogation — LYFH ne génère pas les bulletins, il fiabilise ce qui les alimente puis distribue les bulletins aux salariés
- Alertes intelligentes : visite de reprise à programmer, entretien de retour à planifier, arrêt qui se prolonge sans nouveau volet
Le tout en tarification à la carte dès 1 € par utilisateur et par mois : vous activez le module absences, et uniquement lui si c'est votre seul besoin.
Le mot de la fin : la rigueur est un service rendu au salarié
On présente souvent la gestion des arrêts maladie comme une corvée administrative. C'est mal poser le problème : derrière chaque arrêt, il y a un salarié fragilisé dont le revenu dépend de votre réactivité — un signalement DSN envoyé à temps, une subrogation bien gérée, un maintien calculé juste. La rigueur administrative n'est pas de la bureaucratie : c'est la première preuve de considération de l'entreprise au moment où ça compte.
Mettez le processus sous contrôle une bonne fois : circuit de déclaration unique, règles de maintien documentées (convention collective incluse), rapprochement IJSS systématique, entretien de retour planifié. Et si vous voulez l'outillage qui va avec, testez LYFH gratuitement pendant 1 mois — votre prochain arrêt maladie servira de cas pratique.
